AUTOUR DE LA FOURMI MESSOR BARBARUS

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 Logiciel de comptage automatique : microcounter

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DMX



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MessageSujet: Logiciel de comptage automatique : microcounter   Ven 25 Fév - 18:45

Il existe des logiciels de comptage automatique pour colonies bactéries en boite de pétri : grosso modo, ça compte automatiquement le nombre de point noire (= 1 colonie bactérienne) sur un fond blanc (milieu nutritif).
On ne peut pas utiliser ces logiciels directement sur les fourmis, car ces logiciels sont conçus pour reconnaître des formes simples tel que des ronds. Par conséquent pour pourvoir les utiliser, ils faut transformer les fourmis en des ronds ^^.

Pour cela, il faut utiliser des ronds qui se trouvent sur les fourmis et les mettre en valeur. Le meilleur moyen est d'utiliser les reflets des flash. En général, on a 1 reflet sur l'abdomen, par conséquent en comptant le nombre de reflet on obtient le nombre de fourmis. Néanmoins il se peut dans certains cas que vous ayez plusieurs reflets sur une fourmi (1 sur l'abdomen, 1 sur le thorax, 1 sur le tête) dans ce cas là il faut faire une division. Bref, c'est un logiciel automatique, mais cela ne vous dispense pas de réfléchir Wink.

Cette technique est encore loin d'être parfaite, mais je pense que c'est au fur et à mesure des améliorations qu'elle pourra devenir intéressante. Néanmoins avec l'exemple que je vous présente ci-dessous, j'ai obtenu un perfect ^^ : le logiciel m'a dénombré 46 fourmis, pile poil ce que j'avais compté manuellement (logiciel Mesurim).

Résultat en comptage manuel (logiciel Mesurim) : http://img688.imageshack.us/i/logicielcomptage2.jpg/
Résultat avec le logiciel microcounter : http://img24.imageshack.us/i/logicielcomptage1.jpg/



Transformer l'image :
  1. Télécharger GIMP.
  2. Fichier/ouvrir : vous choisissez une photo
  3. Couleur/Désaturé
  4. Couleur/Inverser
  5. Couleur/Niveaux. Il faut faire mumuse avec les curseurs afin d'éliminer un maximum d'effets parasites de façon à ce qu'il ne reste que les reflets (sous forme de points noirs sur un fond blanc). C'est l'étape la plus délicate, la précision du résultat final dépendra essentiellement cette étape.
  6. Enregistrer l'image


A haut la photo initiale / A bas le résultat après "tranformation"


Comptage automatique :
  1. Télécharger MicroCounter
  2. File/Open : charger l'image "transformée".
  3. Une nouvelle fenêtre apparait :
    • tout à gauche vous avez une grande barre verticale avec écrit "go" : cliquez dessus, et avec le curseur cliquer sur un point noir de l'image (cela permet de sélectionner ce que l'on veut compter).
    • tout à droite vous avez une grande barre verticale avec écrit "go" : cliquez dessus, et avec le curseur cliquer sur le fond blanc (cela permet de sélectionner l'environnement externe).

  • Lancez un premier comptage en utilisant "Count" tout en bas.
  • Si vous observez sur l'image que le logiciel prend en compte les effets parasites que vous n'avez pas réussi à éliminer, il va falloir bidouiller. Perso j'augmente "Colony height" (souvent les effets parasites sont plus petits que les reflets), ce qui permet de compter que les grosses taches.


  • Le résultat final dépendra en grande partie :
    • de la qualité de la photo de départ (plus les reflets sont importants, meilleur sera le résultat).
    • de la quantité d'effets parasites éliminés.
    • de votre aptitude à bien utiliser MicroCounter (savoir régler les différentes variables, ce qui implique un peu d'entraînement).


    Ne vous attendez pas à avoir un résultat absolu à l'unité près, mais c'est plus pour avoir un ordre idée : 50 ou 250 fourmis ? Wink
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    Ludwic



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    MessageSujet: Re: Logiciel de comptage automatique : microcounter   Mer 13 Juil - 0:50

    Bonjour DMX,

    j'avoue que c'est une idée intéressante ! Je testerai ça lorsque j'aurai un peu plus de temps et bien sur, te donner mon ressentie !

    Ludwic

    PS: Je viens d'arriver sur ce forum mais tu peux compter sur moi pour que tu puisse me considérer comme une membre actif Wink !!!
    PS 2: J'ai déjà été admin d'un petit forum, donc si je peux aider fait moi signe !!!
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    Ludwic



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    MessageSujet: Re: Logiciel de comptage automatique : microcounter   Jeu 4 Aoû - 19:22

    Salut,

    A propos du système de comptage, je n'ai pas d'appareil photo de qualité (gsm/portable), pense tu que ce sera suffisant? Tu crois que ton logiciel fonctionnera avec cette photo ?


    Ludwic
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    DMX



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    MessageSujet: Re: Logiciel de comptage automatique : microcounter   Jeu 4 Aoû - 23:03

    Non, cela ne marchera pas avec ce type de photo, la qualité n'est pas suffisamment élevée.
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    Ludwic



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    MessageSujet: Re: Logiciel de comptage automatique : microcounter   Jeu 4 Aoû - 23:23

    Dommage...
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